Sách Đại Việt Sử ký Toàn thư nhận định về ông cùng các thủ hạ của ông trong bối cảnh nhà Lê bấy giờ như sau:

Người ta có ba bậc phải thờ phụng như một là vua, thầy và cha, có khác gì nhau đâu. Xưa Trương Tú buộc tờ biểu vào cán búa, giết người để phục thù cho cha, mà nổi tiếng ở đời Đường; Quách Bốc đem quân vào trong cung, đuổi vua để cứu bộ tướng của mình mà danh dậy đời Lý[4]. Những người ấy đề đem lòng thờ vua, thờ chủ mà chuyển thành đạo thờ cha, thờ thầy, có gì khác đâu! Trần Chân ở triều Lê, có công lao không phải là nhỏ. Đương lúc giặc Cảo tiếm hiệu cướp ngôi ở Đông Kinh, Chân đem quân một lữ đêm ngày xoay xở đánh lại, đến hơn mười ngày mà tên đầu sỏ Cảo phải rút chạy. Đến khi giặc Cảo lại đánh đến Bồ Đề, Chân đem mấy ngàn quân vượt sông tiến đánh, chưa tới mươi ngày mà đồ đảng của Cảo tan vỡ, mặt trời mặt trăng của nhà Lê lại sáng, tông miếu của nhà Lê lại được thờ, so với Thần My khôi phục nhà Hạ, Cát Phủ khuông phù nhà Chu có khác gì đâu. Thế mà khi giặc lớn chưa dẹp, bọn gian dương dòm ngó, trên thì vua ngu tối tin lời dèm, trong thì mẫu hậu gian phi gây hoạ, đến nỗi gọi vào cung cấm giết kẻ tướng thần, so với Lý Cao Tông giết Bỉnh Di, Trần Giản Định giết Đặng Tất, kẻ có công bị ngờ vực, người vô tội bị giết hại, ngậm oan nuốt hận, trời đất không hay, há chẳng đau xót lắm ư? Hợp cả Nguyễn Kính, Nguyễn Áng mà bàn, thì hai người này là tướng dưới trướng của Chân, mài chí phục thù, dốc lòng trừ gian, liều mình cứu mạng cho chủ, trên là để báo lại ơn đức xưa nay, dưới là giải được mối oan khiên uất ức, phù trì chính khí cho ức vạn năm, diệt bọn gian hùng cho ngay lúc ấy, đạo thờ thầy đã sáng rõ lắm rồi. Song xét ra, Chân làm tướng không biết răn cấm tả hữu, khi thì giết bậc danh thần giữa chốn đại đô, lúc lại uống rượu, ngự trong cung Lục Thanh, rất không phải là lễ của người làm tôi, thế thì Chân bị giết cũng là tự chuốc lấy, có gì đáng lạ!Các sách sử như Đại Việt Sử ký Toàn thư, Việt Sử Thông giám cương mục, khi chép về sử nhà Lê sơ không nhắc đến những hành trạng "thất lễ" của Trần Chân, nhưng tới khi ông bị hại mới đưa ra lời bàn luận, nêu trong đó những việc làm như "khi thì giết bậc danh thần giữa chốn đại đô, lúc lại uống rượu, ngự trong cung Lục Thanh, rất không phải là lễ của người làm tôi" để kết luận "thế thì Chân bị giết cũng là tự chuốc lấy". Nếu những việc làm đó được chép thẳng vào những dòng "sử biên niên" thì sẽ minh bạch hơn. Đời sau không rõ ông đã lạm quyền giết bậc danh thần khi đó là ai và uống rượu, ngự trong cung Lục Thanh khi nào.

Thời Lê Chiêu Tông loạn lạc không yên, các đại thần chia bè phái đánh lẫn nhau triền miên. Quyền uy của Trần Chân lớn khiến nhiều người ghen ghét. Bài sấm vĩ có lẽ do một đối thủ chính trị nào đó đặt ra để hại ông. Người đó có thể là cận thần của Lê Chiêu Tông, là Nguyễn Hoằng Dụ hoặc chính là thông gia Mạc Đăng Dung của ông.